Ketika ancaman Malaikat meningkat, kekuatan pertahanan umat manusia didorong hingga batas maksimal, dengan NERV di garis depan perjuangan. Shinji Ikari dan rekannya Rei Ayanami dibantu oleh dua pilot baru: Asuka Langley Shikinami yang berapi-api dan Mari Illustrious Makinami yang misterius.
Dengan bantuan unit Evangelion mekanis mereka, yang dilengkapi dengan senjata yang sempurna untuk melawan lawan mereka yang mengerikan, keempat jiwa muda itu berjuang mati-matian untuk melindungi orang yang mereka cintai dan mencegah kiamat yang akan datang. Namun ketika rahasia yang mengejutkan terungkap, akankah tantangan terbesar para pahlawan terbukti adalah monster…atau manusia itu sendiri?
[Written by MAL Rewrite]