Yukiteru Amano adalah seorang siswa SMP pemalu yang secara teratur mencatat apa yang ia lakukan dalam kehidupan sehari-harinya dengan menuliskan semua aktivitasnya di ponselnya—buku harian digital. Meskipun tidak memiliki teman di sekolah, Yukiteru sering terlihat berbicara dengan teman-teman khayalannya, Deus Ex Machina, dewa waktu dan ruang; dan pelayan Deus, Mur Mur.
Suatu hari, Yukiteru bangun dan menemukan bahwa beberapa kejadian di harinya ditampilkan terlebih dahulu di ponselnya. Meskipun awalnya menganggapnya sebagai kebetulan, ia perlahan menyadari bahwa kejadian yang ditulis di ponselnya sebenarnya terjadi dalam waktu dekat. Setelah menghabiskan hari dengan memanfaatkan aset baru ini, Yukiteru mengetahui bahwa teman sekelasnya, Yuno Gasai, memiliki buku harian yang serupa.
Saat keduanya bekerja sama untuk mengalahkan pengejar aneh dan kembali ke rumah masing-masing, Deus Ex Machina menjelaskan bahwa mereka—bersama 10 kontestan lainnya—telah ditarik ke dalam permainan bertahan hidup yang pemenangnya akan menjadi penerus sang dewa. Tanpa pilihan lain, Yukiteru dan Yuno harus menggunakan ponsel mereka—yang sekarang disebut “Future Diaries”—untuk bertahan hidup dalam pertempuran sengit ini.
[Written by MAL Rewrite]